Gegen 1100 entstand an der gleichen Stelle, an welcher sich das heutige Gebäude der Kirche befindet, ein erstes Gotteshaus. Es war die 6. Gründung des Klosters Hornbach, das Kirchlein war dem Apostel Thomas geweiht. Da die Kirche nie ganz zerstört wurde, könnten die Fundamente des heutigen Kirchturms aus dieser Zeit stammen. Im Jahre 1482 waren größere Instandsetzungsarbeiten am Kirchturm notwendig geworden. Um 1533 wurde durch die Reformation die Thomaskirche zum Gotteshaus der lutherischen Gemeinde. Die heutige Kirche wurde in der Zeit von 1781 - 1784 im späten Barock bzw. frühklassizistischem Saalbau errichtet. Während des 30-jährigen Krieges wurde das Gebäude stark beschädigt, aber nach den Kriegswirren sofort wieder repariert. Durch die französische Besatzung wurde 1684 das Simultaneum - d. h. Mitbenutzungsrecht - für die Katholiken verordnet. Die Kirche wurde dann bis 1905 gemeinsam von Katholiken und Evangelischen genutzt. In dieser Zeit war auch der um die Kirche liegende Friedhof geteilt, im oberen Teil fanden die Katholiken ihre letzte Ruhestätte, im unteren Teil die Evangelischen. 1832 wurde der Friedhof um die Kirche geschlossen. Weil in der Vergangenheit immer nur die schlimmsten Schäden behoben wurden, stürzte eines Tages die untere Außenmauer ein. Daher bemühte man sich um einen Neubau. In den Jahren 1781-1784 wurde dann an gleicher Stelle ein neues Kirchenschiff errichtet und der bestehende Turm erneuert. Nach der Fertigstellung erhielt der Turm 3 neue Glocken und eine neue Uhr.

Die Orgel wurde am 23. April 1843 von den Orgelbauern Franz Heinrich Stumm und Carl Stumm aus Rhaunen-Sulzbach geliefert. Im Kriegsjahr 1917 wurden die Zinnpfeifen der Orgel für Kriegszwecke beschlagnahmt und durch Holzpfeifen ersetzt

Vor der Innenrenovierung der Kirche hatte die Gemeinde überlegt, ein Kirchenfenster mit künstlerischen Ausgestaltung anzuschaffen. Es sollte ein Motiv sein, das einen wesentlichen Bestandteil des Glaubens beinhaltet und auch an Martin Luther erinnert.  Der Künstler Krumholz aus Bergzabern erhielt dazu den Auftrag. Das 2. Fenster erinnert an die Aussage Jesu: "Ich bin der Weinstock, ihr seid die Reben". Die Bibel als Grundlage des Glaubens ist im unteren Teil des Fensters dargestellt.  Auf den Reformator der Kirche wird über sein Siegel, die Lutherrose, hingewiesen. Am Pfingstfest 1991 konnte das neue Fenster  der Kirchengemeinde vorgestellt werden.

Ursprünglich war die Martin Luther- Kirche eine Kath. Pfarrkirche und wird unter dem Namen St. Thomas erstmals 1272 genannt. Seit 1309 war sie dem Kloster Hornbach inkorporiert. Etwa 1525 reformierte die Pfarrei zu Zweibrücken und acht Jahre später wurden in der kath. Kirche St. Thomas ev. luth. Gottesdienste abgehalten. Eine Tragödie geschah 1641 als der reformierte Pfarrer "Gelan" auf der Kirchetreppe von kroatischen Truppen erstochen wurde.

Der Turm  und der Chor sind uralte Reste einer im 30 jährigen Krieg zerstörten Kirche. Nach dem Krieg wurde sie wieder neu erbaut  und 1689 unter Frankreichs Schutz Simultankirche. Wegen Baufälligkeit mußte sie 1784 wieder abgerissen werden.

Die Kirche in ihrer jetzigen Gestalt ist das Werk des Herzogs Karl II, der 1784 - 1785 nach Plänen von Baudirektor F.G. Wahl der das Schiff, ein frühklassizistischer Saalbau, und die Sakristei an den Turm anbaute.

Die Auflösung des Silmultaneums geschah im Jahre 1905, nachdem die neue kath. Kirche fertiggestellt war. Seitdem war sie ausschließlich prot. Kirche die im Jahre 1906 und 1956 restauriert wurde.  Die nach dem 30 jährigen Krieg aufgehängte Glocke wurde um 1731 durch zwei weitere ergänzt. Zwei Glocken, wurde im Jahre 1807 und 1827 nochmals gegossen, ergänzen das heute aus vier Glocken bestehende Läutwerk.